モンスト３dsではストーリーは1話ずつ進んでいく形式となっており、第1話はチュートリアルも兼ねた内容でその物語はスタートします。第1話は主要な登場人物がお披露目となる段階ということになり、アニメでもお馴染みの葵や皆実、そして明という主人公の焔レンとチームを組むことになる３人の同じ神ノ原中学校に通う３人のモンストプレイヤーもここで登場します。
そしてモンストアニメでは１４話にしてやっと登場したモンストチャンピオンのKについても第１話でいきなり登場します。モンスト３dsの特徴的な存在である、この世と異世界をつなぐモンストゲートも開放され、アプリのモンストでは観ることが出来ない、まだ誰も知らないモンストの物語がスタートすることになります。そしてアニメと同様、葵や皆実が所属していたチームは解散している状態であることもこの第１話の時点で主人公は知ることになっています。