「モンハンクロス」には「スキル」というシステムがあります。といってもこれはモンスターの行動パターンや弱点を知っているとか、咆哮を上手に回避できるとかいう意味ではなく、発動させることで属性攻撃力が上がったり、特定のアクションを行う時にスピードが上昇するといった効果が得られるものの事を言います。
スキルを発動させるためには、防具を装備して、設定された「スキルポイント」を10や15などの一定値まで上げる必要があります。たとえば「千里眼」スキルポイントを10にすると「探知」、15にすると「自動マーキング」が発動します。ただし、スキルポイントは装備している間だけカウントされ、防具を外してしまうと当然カウントされないので、複数のスキルを発動させるには若干コツが必要です。なお、同じシリーズの防具で頭・体・腕・腰・脚を統一すると、複数のスキルを無駄なく発動させることができます。